应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：大原沙耶香 福山润 中井和哉 伊藤静 菊地美香 望月久代 矢岛晶子 武藤寿美 长岛雄一 藤田圭宣 保村真 铃木晶子 加藤英美里 水泽史绘 柿原彻也 铃木达央 浅沼晋太郎 下野纮 深泽岚 本名阳子 仙台惠理 那须惠 成田纱矢香 川村万梨阿 能登麻美子 中村千绘 川澄绫子 野田顺子 饭冢雅弓 冰上恭子 川田绅司 福原耕平 园崎未惠 玉川纱己子 谷育子 雨兰咲木子 小林由美子 古川登志夫 岛本须美 池田昌子 川上伦子
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演员：山下大辉 鸟海浩辅 福岛润 岸尾大辅 松冈祯丞 宫田幸季 诹访彩花 诹访部顺一 潘惠美 安元洋贵 森久保祥太郎 伊藤健太郎 代永翼 阿部敦 野岛健儿 宫野真守 前野智昭 吉野裕行 柿原彻也 日野聪
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